Институцията е основана през 1945 год. като Медицински факултет на Пловдивски университет. През 1950 г. факултетът е обособен като “Медицинска академия”, наименувана по-късно на именития руски учен Иван Петрович Павлов. През 1972 г. Институцията е интегрирана (заедно с аналогичните от София и Варна) в новосъздадената тогава Медицинска академия, със статут на факултет. След нова структурна промяна през 1990 г. отново е самостоятелно висше медицинско училище - Висш медицински институт-Пловдив.

От 7 август 1974 год. към институцията е създаден Стоматологичен факултет, а от 27 януари 1997 г. е интегриран Медицинският колеж – Пловдив, като основни самостоятелни структури.

С Решение на Народното събрание на Р.България от 22 февруари 2002 год. (ДВ бр. 20) ВМИ- Пловдив е преименуван на “Медицински университет - гр. Пловдив”, на основание чл.17/3/ , съгласно чл.17 ал.2,т.т.2-8 от ЗВО.
Въз основа на посочените актове Медицински Университет – гр. Пловдив е държавно висше медицинско училище, юридическо лице, с предмет на дейност - подготовка и повишаване квалификацията на специалисти в областта на медицината и здравеопазването и провеждане на научно-медицинска дейност (чл. 6, ал.1 от ЗВО).